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修持禪定之法門，即是：（1）數，（2）隨，（3）止，（4）觀，（5）還，（6）淨。其修持方法，在本文第二章「次第相生六妙門」中，有相當詳細的說明：

（1）數：行者調和氣息，不澀不滑，安詳徐數，從一至十，攝心在數，不令馳散，是名修數。

（2）隨：捨前數法，一心依隨息之出入，攝心緣息，知息入出，心住息緣，無分散意，是名修隨。

（3）止：息諸緣慮，不念數隨，凝寂其心，是名修止。

（4）觀：於定心中，以惠（慧）分別，觀於微細出入息相，如空中風，皮肉筋骨，三十六物，如芭蕉不實，心識無常，剎那不住，無有我人，身受心法，皆無自性，不得人法，定何所依？是名修觀。

（5）還：既知觀從心生，若從折境，此即不會本源。應當反觀觀心，此觀心者，從何而生？為從觀心生，為從非觀心生？……當知觀心本自不生，不生故不有，不有故即空，空故無觀心。若無觀心，豈有觀境，境智雙亡，還源之要也，是名修還相。

（6）淨：知色淨故，不起妄想分別，受想行識，亦復如是。息妄想垢……息分別垢……息取我垢，皆是名修淨。舉要言之，若能心如本淨，是名修淨，亦不得能修所修及淨不淨，是名修淨。

由此六種法門之修持，可通往涅槃之道，這就是此六法門稱為「妙」之義。文中說：「妙者，其意乃多，若論正意，即是滅諦涅槃，故滅四行中，言滅止妙離。涅槃非斷非常，有而難契，無而易得，故言妙也。」

此六法門亦是「內行之根本，三乘得道之要逕」，這是安般（息門）的修持法之一種。文中說：「故釋迦……內思安般，一數、二隨……因此萬行開發，降魔成道。」在《釋禪波羅蜜》中，將此六妙法門列為「亦有漏亦無漏禪」，因「此六門中，數、隨、止是入定方便，觀、還、淨是慧方便。定愛慧策：愛故說有漏，策故說無漏。」

但在本文第一章「歷別對諸禪六妙門」中，智者大師又幾乎將所有的禪定法門都歸納在六妙法門中：

（1）數門：「行者因數息故，即能出生四禪、四無量心、四無色定」，但若只是出生這些禪定，並非妙門，必須要﹁若於最後非非想定，能覺知非是涅槃，是人必定得三乘道﹂，證阿羅漢果位。

（2）隨門：「行者因隨息故，即能出生十六特勝。所謂一知息入，二知息出，三知息長短，四知息遍身，五除諸身行，六心爰喜，七心受樂，八受諸心行，九心作喜，十心作攝，十一心作解脫，十二觀無常，十三觀出散，十四觀離欲，十五觀滅，十六觀棄捨。」然後「觀行破折」，「深觀棄捨，不著非想，能得涅槃」。

（3）止門：「行者因止心故，即便次第發五輪禪。一地輪三昧，即未到地。二者水輪三昧，即是種種諸禪定善根發也。三者虛空輪三昧，即五方便人，覺因緣無性如虛空。四者金沙輪三昧，即是見思解脫，無著正慧，如金沙也。五者金剛輪三昧，即是第九無礙道，能斷三界結使，永盡無餘，證盡智、無生智，入涅槃。」

（4）觀門：「行者因修觀故，即能出生九想、八念、十想、八背捨、八勝處、十一切處、九次第定、師子奮迅三昧、超越三昧、練禪、十四變化心、三明、六通及八解脫，得滅受想，即入涅槃。」

（5）還門：「行者若用慧行，善巧破折，反本還源，是時即便出生空無想無作（三三昧）、三十七品、四諦、十二因緣、中道正觀，因此得入涅槃。」

（6）淨門：「行者若能體識一切諸法本性清淨，即便獲得自性禪也。得此禪故，二乘之人，定證涅槃，若是菩薩，入鐵輪位，具十信心。修行不止，即便出生九種大禪。所謂：自性禪、一切禪、難禪、一切門禪、善人禪、一切行禪、除惱禪、此世他世樂禪、清淨禪。菩薩依是禪故，得大菩提果！已得、今得、當得。」